2008ರ ಮಾಲೆಗಾಂವ್ ಸ್ಫೋಟ ಪ್ರಕರಣದ ಎಲ್ಲ ಆರೋಪಿಗಳಿಗೆ ಕ್ಲೀನ್ ಚಿಟ್ ನೀಡಿದ ನ್ಯಾಯಾಲಯ, ಮಹಾರಾಷ್ಟ್ರ ಭಯೋತ್ಪಾದನಾ ನಿಗ್ರಹ ದಳ (ಎಟಿಎಸ್) ಅಧಿಕಾರಿಯ ವಿರುದ್ಧದ ಗಂಭೀರ ಆರೋಪಗಳು ಮತ್ತು ತನಿಖೆಯ ವೇಳೆ ನಕಲಿ ವೈದ್ಯಕೀಯ ಪ್ರಮಾಣಪತ್ರಗಳನ್ನು ಸಲ್ಲಿಸಿದ ಆರೋಪದ ಬಗ್ಗೆ ತನಿಖೆಗೆ ಆದೇಶಿಸಿದೆ.
ಆರೋಪಿಗಳ ವಿರುದ್ಧದ ಆರೋಪಗಳನ್ನು ಸಾಬೀತುಪಡಿಸಲು ಸೂಕ್ತ ಪುರಾವೆಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸಲು ಮಹಾರಾಷ್ಟ್ರ ಎಟಿಎಸ್ ಮತ್ತು ರಾಷ್ಟ್ರೀಯ ತನಿಖಾ ಸಂಸ್ಥೆ (ಎನ್ಐಎ) ಎರಡೂ ವಿಫಲವಾಗಿವೆ ಎಂದು ನ್ಯಾಯಾಲಯ ಗಮನಿಸಿದೆ.
2011 ರಲ್ಲಿ ಎಟಿಎಸ್ನಿಂದ ತನಿಖೆಯನ್ನು ವಹಿಸಿಕೊಂಡ ಎನ್ಐಎ ತನ್ನ ಪೂರಕ ಚಾರ್ಜ್ಶೀಟ್ನಲ್ಲಿ ಭೋಪಾಲ್ನ ಮಾಜಿ ಬಿಜೆಪಿ ಸಂಸದೆ ಸಾಧ್ವಿ ಪ್ರಜ್ಞಾ ಸಿಂಗ್ ಠಾಕೂರ್ ಅವರನ್ನು ದೋಷಮುಕ್ತಗೊಳಿಸಿತ್ತು. ಆದಾಗ್ಯೂ, ನಾಸಿಕ್ನ ಡಿಯೋಲಾಲಿ ಕಂಟೋನ್ಮೆಂಟ್ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಸಹ ಆರೋಪಿ ಲೆಫ್ಟಿನೆಂಟ್ ಕರ್ನಲ್ ಪ್ರಸಾದ್ ಪುರೋಹಿತ್ ಬಳಿ ವಾಸಿಸುವ ಮಿಲಿಟರಿ ಮಾಹಿತಿದಾರ ಸುಧಾಕರ್ ಚತುರ್ವೇದಿ ಅವರ ನಿವಾಸದಲ್ಲಿ ಆರ್ಡಿಎಕ್ಸ್ ಕುರುಹುಗಳನ್ನು ಇರಿಸಿದ ಆರೋಪದಲ್ಲಿ ಎಟಿಎಸ್ ಅಧಿಕಾರಿ ಶೇಖರ್ ಬಗಾಡೆ ಅವರನ್ನು ಸಿಲುಕಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಚಾರ್ಜ್ಶೀಟ್ ಪ್ರಕಾರ, ಲೆಫ್ಟಿನೆಂಟ್ ಕರ್ನಲ್ ಪುರೋಹಿತ್ ಅವರ ಮೇಲ್ಮನವಿಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ವಿಚಾರಣಾ ನ್ಯಾಯಾಲಯದ ಮುಂದೆ ಹಾಜರಾದ ಸೇನಾ ಮೇಜರ್ ಮತ್ತು ಸುಬೇದಾರ್ ಅವರ ಸಾಕ್ಷ್ಯಗಳನ್ನು ಎನ್ಐಎ ಅವಲಂಬಿಸಿದೆ. ಬಗಾಡೆ ಚತುರ್ವೇದಿ ಅವರ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಅವರ ಮನೆಗೆ ಪ್ರವೇಶಿಸಿದ್ದರು ಮತ್ತು ಆರ್ಡಿಎಕ್ಸ್ನ ಕುರುಹುಗಳನ್ನು ಬಿಟ್ಟಿದ್ದರು, ನಂತರ ಎಟಿಎಸ್ ತಂಡವು ಹತ್ತಿಯ ಸ್ವ್ಯಾಬ್ಗಳನ್ನು ಬಳಸಿ ತೆಗೆದುಕೊಂಡಿತು ಎಂದು ಅವರು ಆರೋಪಿಸಿದ್ದಾರೆ. ಬಗಾಡೆ ಅವರು ಮರು ಹೇಳದಂತೆ ಮನವಿ ಮಾಡಿದ್ದರು ಎಂದು ಅಧಿಕಾರಿಗಳು ಹೇಳಿದ್ದಾರೆ